江户川柯南：真实身份是高中生侦探工藤新一，因被黑衣组织灌下毒药 APTX4869 身体变小，化名为江户川柯南。他寄住在毛利侦探事务所，继续追踪黑衣组织。有着超强的推理能力，擅长足球、滑板等，口头禅是 “真相永远只有一个”。

毛利兰：帝丹高中二年级 B 班学生，工藤新一的青梅竹马，擅长空手道，性格温柔善良、勇敢坚强，多次在危险时刻保护自己和他人。

毛利小五郎：毛利兰的父亲，曾经是一名优秀的刑警，后来成为私家侦探。他性格有些迷糊、爱贪小便宜，但在涉及家人和朋友的案件中会展现出惊人的推理能力和正义感。

灰原哀：本名宫野志保，原是黑衣组织的科学家，代号 “雪莉”，发明了 APTX4869。因姐姐宫野明美被组织杀害，她反抗组织而被囚禁，服下 APTX4869 后身体变小，化名灰原哀，与柯南等人一起对抗黑衣组织，擅长电脑、物理、化学、推理等。

安室透：本名降谷零，日本公安警察派入黑衣组织的卧底，代号 “波本”。表面上是私家侦探、餐厅服务员，擅长搜集情报，有极强的推理能力和身手，对柯南的身份有所怀疑。

赤井秀一：FBI 搜查官，曾卧底黑衣组织，代号 “黑麦威士忌”。有极强的狙击能力、推理能力和情报搜集分析能力，为了帮助水无怜奈重新进入组织并取得信任，假装被枪击身亡，之后以冲矢昴的身份暗中保护灰原哀。

服部平次：大阪改方学园高中部二年级生，关西的高中生侦探，与工藤新一齐名，被称为 “关西的服部，关东的工藤”。性格豪爽、阳光自信，擅长剑道和推理，和柯南是好朋友，多次一起破案。

远山和叶：大阪改方学园高中部二年级生，服部平次的青梅竹马，擅长合气道，性格活泼开朗、善良可爱，总是与服部平次一起卷入各种案件中。